基于DeepChem的溶解度预测(图形卷积,神经网络)

DeepChem是一个机器学习库,用于对化合物的图结构进行卷积。

环境

  • Python 3.6
  • DeepChem 1.1.0
  • TensorFlow 1.0.1
  • RDKit 2020.03.2

基于DeepChem图卷积预测溶解度

导入库

import tensorflow as tf
import deepchem as dc
import numpy as np

载入数据

graph_featurizer = dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer()
loader = dc.data.data_loader.CSVLoader( tasks = ['solubility'], smiles_field = "smiles", id_field = "name", featurizer = graph_featurizer )
dataset = loader.featurize( 'solubility.csv' )
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