RDKit:化学指纹(Chemical Fingerprinting)

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化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥,由前MDL开发,作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键,即166 0和1,其中每个键对应于特定的分子特征,例如存在羰基(键154:('[#6] = [#8]',0),RDkit中的#C  = O.实现).RDkit中可用的另一种指纹是摩根型指纹,它是一种圆形指纹。每个原子的环境和连通性被分析到给定的半径,并且每种可能性都被编码。通常使用散列算法将很多可能性压缩到预定长度,例如1024。因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。


#!/usr/bin/python3
# In[1]:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import MACCSkeys
from rdkit.Chem import DataStructs
# In[2]:
mol = Chem.MolFromSmiles('CCCN')
mol2 = Chem.MolFromSmiles('CCCO')
# In[3]:
fp1 = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
# In[4]:
print (fp1.ToBitString())
# out[4]:
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001010000000000000001000100000010011
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