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原创 “RDKit | 化学信息学与AI”专栏介绍及专栏内容分类(持续更新......)

“RDKit | 化学信息学与AI”专栏介绍 介绍RDKit相关知识点和运用以及RDKit作为处理化学、生物、药学和材料学科中分子数据作为可输入机器学习和深度学习模型的重要工具应用。内容涵盖了基于RDKit的Python3的分子的读写、化合物的分子指纹和分子描述符计算、化合物的2D/2D比对、化合物相似性搜索、化合物骨架分析和亚结构搜索、RMSD计算与构象生成优化、分子相似图与聚...

2019-12-25 17:26:25 5061 1

原创 RDKit | 基于RDKit去除片段(盐或络合物等)

简介如果mol文件或smiles包含多个化合物(片段),则会干扰后续的描述符计算等。环境Python3.6 RDKit 2019.09.1.0去除盐导入库from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover载入数据smis = ("CN(C)C.Cl", "CN(Br)Cl.C...

2019-12-31 14:43:06 1131

原创 RDKit | 基于化合物结构式图像估算分子式(OpenCV、CNN)

简介当通过深度学习输入有机物质中结构式的二维图像时,需要解决寻找分子式的问题。这是一个回归问题,需要计算结构式图像中包含的碳,氢,氧和氮等原子数。基于化合物结构式图像估算分子式环境系统 :Win10工具:RDKit、OpenCV、Keras、TensorFlow任务步骤训练数据300,000种化合物的SMILES字符串(足够的训练数据)。 输入结构的二维图像...

2019-12-31 10:04:11 1439

原创 Nat. Genet. | 基于遗传学主导的方法定义免疫相关性状的药物靶标

2019年6月28日牛津大学Julian C. Knight教授团队以及欧盟创新药物计划ULTRA-DD协会在Nature Genetics在线发表题为 A genetics-led a...

2019-12-30 09:29:30 153

原创 supervisor简介、安装与入门使用

supervisor简介Supervisor是用Python开发的一套通用的进程client/server管理程序,是UNIX-like系统下的一个进程管理工具,能将一个普通的命令行进程变为后台daemon,并监控进程状态,异常退出时能自动重启。它是通过fork/exec的方式把这些被管理的进程当作supervisor的子进程来启动,这样只要在supervisor的配置文件中,把要管理的进程的...

2019-12-29 12:54:50 695

原创 CentOS 7 安装Boost 1.67及boost_python

获取boostboost官网:https://www.boost.org/wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gz安装依赖yum -y install gcc-c++ python-devel bzip2-devel zlib-devel解压tar ...

2019-12-26 09:21:17 1766

原创 RDKit | 基于RDKit处理化学信息学中的反应方程式

将研究化合物之间的转化,即如何处理化学信息学中的化学反应。 首先,您将学习如何扩展单个化合物的表示法,例如先前处理的MOL文件和SMILES表示法,以表达化学反应。接下来,让学习如何在RDKit中处理化学反应。RXN文件使用MOL文件格式表示化学反应的扩展名为RXN file的格式。由于基本结构单元相同,因此可以处理MOL文件和SDF的软件通常可以处...

2019-12-26 09:14:21 1541 2

原创 Docker | Docker 简介、安装与入门

Docker官方原话:Docker provides a way to run applications securely isolated in a container, packaged with all its dependencies and libraries. Docker 是一个开源的应用容器引擎,基于Go 语言并遵从 Apache2.0 协议开源。...

2019-12-25 15:16:59 560

原创 Redis | Redis基础类型常用操作命令

Redis基础类型常用操作命令Redis概念REmote DIctionary Server(Redis) 是一个由Salvatore Sanfilippo写的key-value存储系统。Redis是一个开源的使用ANSI C语言编写、遵守BSD协议、支持网络、可基于内存亦可持久化的日志型、Key-Value数据库,并提供多种语言的API。它通常被称为数据结构服务器,因为值(val...

2019-12-25 13:49:09 493

原创 RDKit | 基于RDKit绘制化学反应

基于RDKit绘制化学反应导入库from rdkit import RDConfigimport unittestimport randomfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Draw, AllChemfrom rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2Dfrom rdkit import Geom...

2019-12-24 21:34:01 1183 5

原创 RDKit | 基于RDKit和SMARTS的化学反应处理

SMILES和SMARTS的区别SMILES: 分子描述语言SMILES (SimplifiedMolecularInputLineEntrySystem)是一种分子描述语言,由Daylight C.I.S.的创始人 Dr. David Weininger 博士发明。它简单,易于理解,且广泛使用的分子描述方法。将分子的二维结构描述为字符串 紧凑地保存信息 与...

2019-12-24 17:21:11 1432

原创 RDKit | 基于RDKit通过SMARTS定义反应模式来生成反应产物

简介RDKit中,通过SMARTS定义一个反应模式,并根据该模式从反应物中生成产物。环境Windows 10 pro RDkit 2019.09.1化学反应尝试碳原子的羟基化反应。SMARTS:[C:1]>>[C:1][OH]反应物代码示例导入库from rdkit.Chem import AllChemfrom rd...

2019-12-24 11:17:34 1112

原创 Genome Biology | 建立预测疾病miRNA的benchmark

作者 | 闫肖冬单位 | 厦门大学方向 | 网络表征学习审稿 | 申聪博士今天给大家介绍2019年10月,北京大学基础医学院周源团队、崔庆华团队和河北工业大学李建伟团队合作在Genome...

2019-12-23 10:08:07 487

原创 Nat. Methods | 基于几何深度学习解密蛋白分子表面的相互作用指纹

2019年12月,洛桑联邦理工学院和瑞士生物信息研究所的研究者在nature methods上提出使用分子表面的化学和几何指纹,来预测蛋白质和其他分子间的相互作用。1介绍蛋白质与其他生物...

2019-12-21 17:40:06 568

原创 Nat. Biotechnol | PHATE:高维生物数据的可视化方法

作者 | 涂心琪单位 | 湖南大学研究方向 | 高维数据可视化高维生物数据的可视化能帮助研究者以直观的方式了解数据。今天介绍2019年12月发表在Nature Biotechnology...

2019-12-20 00:05:00 386

原创 Nat. Commun | 结合二维深度神经网络和迁移学习 预测RNA二级结构

作者 | 吴隆鑫单位 | 厦门大学方向 | 生物序列分析研究背景RNA分子是生物体内参与各种如细胞分化、代谢、记忆存储等重要生命活动的一类大分子,其常见的种类有rRNA、mRNA、tRN...

2019-12-18 08:57:05 476

原创 Nat. Mach. Intell.| 机器学习显著降低药物组合筛选成本

作者 | 孙科研究方向 | 药物组合单位 | 湖南大学今天给大家介绍2019年12月发表在Nature Machine Intelligence的论文“Prediction of dru...

2019-12-16 21:36:45 528

原创 NeurIPS TAPE | 用于评估蛋白质表示学习性能的多任务平台

作者 | 黎龙光单位 | 湖南大学研究方向 | 蛋白质表示学习今天给大家介绍一篇加州大学伯克利分校研究人员发表在NeurlIPS2019上的一篇文章“Evaluating Protein...

2019-12-14 00:01:28 308

原创 Pymol | Pymol绘制GridBox图

将drawgridbox.py脚本放到pymol安装目录下# -*- coding: utf-8 -*-from pymol.cgo import *from pymol import cmdimport itertoolsfrom random import randint################################################...

2019-12-13 15:01:33 928

转载 知识图谱(Knowledge Graph)之综述理解

注:该博文是我在看了数篇知识图谱综述以及阅读了相关资料后的一个总结以及自己的相关理解。知识图谱技术是人工智能技术的重要组成部分,以结构化的方式描述客观世界中的概念、实体及其键的关系。知识图谱提技术提供了一种更好的组织、管理和理解互联网海量信息的能力,将互联网的信息表达成更接近于人类认知世界的形式。因此,建立一个具有语义处理能力与开放互联能力的知识库,可以在智能搜索、智能问答、个性化推荐等智...

2019-12-13 14:54:29 4656

原创 Bioinformatics| 生物医学网络中的图嵌入方法

作者 | 夏枫指导 | 刘向荣教授,曾湘祥教授单位 | 厦门大学研究方向 | 网络表示学习,药物发现今天给大家介绍Bioinformatics期刊的一篇文章,“Graph embeddi...

2019-12-12 09:17:56 409

原创 Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18

目录1. 环境2. 驱动安装2.1 驱动下载:https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/2.2.删除原有NVIDIA驱动2.3禁用nouveau2.4.查询自己的显卡型号2.5.安装2.6.检验是否安装成功,命令3. CUDA9.1安装3.1 CUDA9.1下载:3.2 在cuda...

2019-12-10 11:25:34 2186

原创 Survey | 多任务学习综述

作者 | 涂心琪指导 | 曾湘祥教授单位 | 湖南大学研究方向 | 多任务学习,生物信息学1.简介深度学习模型通常需要大量有标签数据才能训练出一个优良的分类器。但是,包括医学图像分析在内...

2019-12-07 14:39:59 374

原创 深度学习在化学反应中的应用

化学领域,对物理性质的预测模型和化合物的生成模型的研究变得活跃。最近,尝试使用深度学习来预测有机化合物合成所需的化学反应。问题设置:反应预测和逆向合成路线搜索在化学反应中,可以使用具有“ ABC >> D”的反应SMILES进行使反应物A和B在催化剂C(反应物)C下反应以生成产物D的反应。可以表示如下: 可以从A,B和C中...

2019-12-06 16:23:02 3375

原创 OpenCV简介与安装

OpenCV是计算机视觉中经典的专用库,其支持多语言、跨平台,功能强大。OpenCV-Python为OpenCV提供了Python接口,使得使用者在Python中能够调用C/C++,在保证易读性和运行效率的前提下,实现所需的功能。OpenCV-Python Tutorials是官方提供的文档,其内容全面、简单易懂,使得初学者能够快速上手使用。2014年段力辉在当时已翻译过OpenC...

2019-12-06 15:43:00 474

原创 Nat. Commun | 从大规模电子病历中估算疾病遗传参数

作者 |金淑婷指导老师 |刘向荣教授、曾湘祥教授单位 |厦门大学研究方向 |疾病表示学习、药物重定位审稿 |贾耿介博士(芝加哥大学)今天给大家介绍一篇刚被Nature Comm...

2019-12-04 12:23:58 167 1

原创 Nat. Methods | ilastik:为生物图像分析而生的交互式机器学习平台

作者 | 罗潇澧指导 | 曾湘祥教授审稿 | 舒心博士(香港中文大学)单位 | 湖南大学研究方向 | 生物医学检测工具简介来自德国海德堡大学的Hamprecht团队开发了一款使用简便的开...

2019-12-01 14:08:14 587

pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pymol1.8.6基于python3.6,大分子作图最实用的软件。

2017-06-30

基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件

博文:基于神经网络的溶解度预测和回归分析https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82725777数据集文件。

2018-09-16

ActivePerl-5.26_Win_x64.zip

Perl在windows下的安装包,最近发现Perl安装包下载特别麻烦,所以上传一个下载好的方便大家。

2019-10-10

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析及分子碎裂(RECAP); 多分子最大共同亚结构;功能图;基于形状的相似性;基于RMSD的分子比对;基于形状的对齐;使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对;与PyMOL进行3D可视化集成;功能基团过滤;分子描述符库;相似图;机器学习等等

2004-09-17

2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications

生物信息学方面的书籍,值得推荐。里面很多入门知识和工具的讲解。

2018-05-18

pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win

pymol2.1基于python3.6,最新的免费释放版本,大分子作图最实用的软件。 安装见链接https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/74012128

2018-05-18

Amber 2020 Reference Manual.pdf

分子动力学软件Amber2020最新的软件手册。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子,包括蛋白、核算以及药物小分子。

2020-05-26

2017-Tutorials in chemoinformatics

化学性吸入损伤方面的书籍,里面有很多代码实例,值得学习。

2018-05-18

qq2648008726的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-07-09

最近申请专栏结果一直没申请不下来,于是我连续申请了几次,但是今天全都出来了!

发表于 2018-09-25 最后回复 2018-09-25

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