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原创 RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES

一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象,并计算出该分子的描述符,用于机器学习。导入库from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG = True载入数据peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))print(

2020-12-30 13:31:45 479 2

原创 RDKit | 基于最大公共子结构(MCS)的分子比对

导入库from rdkit import Chem, rdBasefrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsolefrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem import rdDepictorfrom rdkit.Chem import rdFMCSfrom rdkit.Chem import TemplateAlignIPythonConsole.i

2020-12-21 17:17:05 229

原创 Nat. Commun. | 序列到功能的深度学习框架加速工程核糖调节剂设计和优化

作者 | 李梓盟审稿 | 董靖鑫今天给大家介绍由哈佛大学和剑桥大学的研究人员联合发表在Nature Communications的一篇文章。由于对设计规则的理解有限,设计全新的生物回路组...

2020-12-10 12:54:02 122

原创 Elsevier的Greg Landrum访谈 | 成功的开源化学信息软(RDKit)的要素是什么?

RDKit是化学信息学和机器学习软件的集合,正在协助解决化学信息的难题。RDKit的创始人和创建者Greg Landrum在Elsevier的推动下接受了UDM(统一数据模型)团队的采访,分享了他的经验,即成功之路是怎样的,一个开源项目要想成功需要具备哪些要素。采访中所学到的知识将有助于塑造统一数据模型项目的未来,该项目正在从财团主导的Pistoia联盟模式向社区主导的模式转变。Greg Landrum一切是如何开始的?Greg是一名化学家。在德国做完博士后后,他搬到了加州,...

2020-12-09 17:16:02 203

原创 Nat. Mach. Intell. | 深度神经网络中的捷径学习

作者 | 周珍冉审稿 | 赖乐珊今天给大家介绍来自德国蒂宾根大学的Robert Geirhos和加拿大多伦多大学的Claudio Michaelis等人发表在Nature Machine...

2020-12-09 17:16:02 115

原创 RDKit | 可视化官能团, 分子聚类, 相似图, 化合物高亮和骨架网络

利用指纹挑选出不同的分子import pandas as pdligands = pd.read_csv('sample_ligands.csv', index_col=False)['canonical_SMILES'].values.tolist()from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.rdMolDescriptors import GetMorganFingerprintfrom rdkit

2020-12-08 19:09:45 536 2

原创 RDKit | 多肽HELM字符串格式与分子Mol格式间的转换

导入库from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem import Draw, rdDepictorfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleprint('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)rdkit version: 2020.03.2Oxytocin_mol = Chem.MolFromHELM('PEPTIDE1{C.Y.I.Q.N.C.P.L.

2020-12-05 15:28:28 147

原创 RDKit | 从ChEMBL数据库提取大分子HELM单体(XML转换为DataFrame并搜索部分结构)

研究大分子的HELM表示。HELM具有分层结构,并结合了单体来代表聚合物(例如肽)。HELM的特征是其表达的可扩展性,还可以通过将原始单体添加到单体库中来表达不自然的结构。另一方面,由于HELM表达式使用缩写(ID),所以如果不共享单体库,则存在指定具有相同ID的不同单体的风险,因此了解单体库很重要。找出什么样的单体信息存储在ChEMBL中,这是HELM也处理的熟悉的数据库。具体旨在读取XML文件中提供的单体库,并将其转换为Pandas DataFrame。导入库import xm

2020-12-05 15:23:03 242 1

原创 DeepMind的蛋白质折叠AI解决了50年来的生物学重大挑战

编·译作者|王建民科学家们表示,谷歌用于预测蛋白质3D形状的深度学习计划有望改变生物学。前言蛋白质是生命的基石,负责细胞内发生的大部分事情。蛋白质的工作方式和功能由其三维形状决定-&...

2020-12-02 02:34:16 147

pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pymol1.8.6基于python3.6,大分子作图最实用的软件。

2017-06-30

ActivePerl-5.26_Win_x64.zip

Perl在windows下的安装包,最近发现Perl安装包下载特别麻烦,所以上传一个下载好的方便大家。

2019-10-10

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析及分子碎裂(RECAP); 多分子最大共同亚结构;功能图;基于形状的相似性;基于RMSD的分子比对;基于形状的对齐;使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对;与PyMOL进行3D可视化集成;功能基团过滤;分子描述符库;相似图;机器学习等等

2004-09-17

2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications

生物信息学方面的书籍,值得推荐。里面很多入门知识和工具的讲解。

2018-05-18

基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件

博文:基于神经网络的溶解度预测和回归分析https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82725777数据集文件。

2018-09-16

pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win

pymol2.1基于python3.6,最新的免费释放版本,大分子作图最实用的软件。 安装见链接https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/74012128

2018-05-18

Amber 2020 Reference Manual.pdf

分子动力学软件Amber2020最新的软件手册。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子,包括蛋白、核算以及药物小分子。

2020-05-26

2017-Tutorials in chemoinformatics

化学性吸入损伤方面的书籍,里面有很多代码实例,值得学习。

2018-05-18

qq2648008726的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-07-09

最近申请专栏结果一直没申请不下来,于是我连续申请了几次,但是今天全都出来了!

发表于 2018-09-25 最后回复 2018-09-25

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